Căn cứ hướng dẫn tại Công văn số 1639/TCHQ-GSQL ngày 10/04/2008 của Tổng Cục Hải Quan có quy định: “Quy chế cấp giấy chứng nhận C/O mẫu E ban hành kèm theo Quyết định 12/2007/QĐ-BTM ngày 31/05/2007 của Bộ Thương mại hiện chưa có quy định về việc chấp nhận Giấy chứng nhận xuất xứ trong trường hợp hóa đơn thương mại được phát hành bởi một công ty đặt ngòai khu vực thương mại tự do ACFTA. Theo đó, trường hợp hàng nhập khẩu có C/O mẫu E do Trung Quốc cấp và hóa đơn thương mại do một nước thứ 3 (không phải là nước thành viên) phát hành thì C/O mẫu E nói trên sẽ không được chấp thuận để hưởng ưu đãi thuế ACFTA.”

Do trường hợp công ty không thuộc trường hợp Hóa đơn thương mại do nước thứ ba phát hành nhưng trong Invoice thể hiện tên shipper của một công ty A (ở Trung Quốc), trên C/O mẫu E thể hiện tên shipper của một công ty B (ở Trung Quốc) là không phù hợp để hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt.